Integracja dużych zbiorów danych za pomocą sieci korelacyjnych
Podczas listopadowego spotkania STWURa wystąpi Aneta Sawikowska (Xenstats) i opowie o tworzeniu sieci korelacyjnych. Po spotkaniu zapraszamy wszystkich na integrację w Cybermachinie.
Temat: Xenstats i integracja dużych zbiorów danych
Przedstawię integrację danych poprzez konstrukcję sieci korelacyjnych za pomocą pakietu WGCNA, który jest szeroko wykorzystywany na świecie do badań biologicznych, chemicznych i nie tylko. Konstrukcję korelacyjnej sieci różnicowej przedstawię na podstawie swojej publikacji. Zaprezentuję kompleksową analizę dużych zbiorów danych dla doświadczeń wieloczynnikowych, składającą się z kilku zintegrowanych etapów wykonanych w R, od surowych obserwacji do wyników analizy statystycznej i konstrukcji sieci. Zaprezentuję praktyczne przykłady wykorzystania sieci korelacyjnych oraz sieci różnicowych. Pokażę od czego zacząć konstrukcję sieci korelacyjnych w pakiecie WGCNA. Algorytmy konstruujące sieci można zastosować do wszelkich danych o dużej liczbie cech.
Bio: dr Aneta Sawikowska
Prezes zarządu firmy bioinformatycznej Xenstats sp. z o.o., doktor nauk matematycznych, naukowiec, wykładowca. Doktorat napisała pod kierunkiem światowej klasy matematyka prof. Charlesa Johnsona (William & Mary, Willamsburg, USA). Odbyła staż naukowy w The James Hutton Institute, Dundee, Wielka Brytania. Wieloletnie doświadczenie w analizowaniu danych zdobyła pracując od 10 lat jako adiunkt w Instytucie Genetyki Roślin Polskiej Akademii Nauk w Poznaniu. Od 2016 roku adiunkt w Katedrze Metod Matematycznych i Statystycznych Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu. Autorka publikacji naukowych z zakresu matematyki, analizy statystycznej, analizy big data, analizy poziomu ekspresji genów, analizy sieci korelacyjnych, analizy statystycznej danych metabolomicznych, fenotypowych oraz dotyczących lipidów w roślinach, wielokrotnie z wykorzystaniem R i supercomputingu. Uczestnik licznych konferencji krajowych i zagranicznych, wykonawca wielu projektów naukowych.
Nasze spotkania wspiera Kruk SA.
